改變腸道菌相，優勢腸道中的耐酸性益生菌，特別是活力能製造短鏈脂肪酸的比菲德氏菌，能大大地促進健康。酸性的腸道環境可以很有效的壓縮壞菌的生存，同時可使腸道壁細胞排列的更為緊密，如此可以避免腸道不受病菌感染，也可以增加腸道的厭氧度。耐酸的比菲德氏菌僅能在厭氧的腸道中增殖，特別是在盲腸和大腸前端，當益生菌產生大量的酸，可以幫助其他的耐酸益生菌共同生長，產生一個優勢菌落，壓制致病菌的影響。
現代人因飲食結構改變，特別是容易攝取高糖、高脂肪和高蛋白質的精緻食物，使腸道益生菌總較壞菌處於生長劣勢。人類於演化過程中，長時間處於茹素期，在長期的演化適應中，腸道菌與人類達到共生共存，腸道益生菌能利用人類消化道無法再分解的水溶性植物纖維作為能量來源。當現代人改變飲食習慣以攝取脂肪和蛋白質為主的高熱量飲食後，腸道益生菌因可獲得的能量來源不足，致使菌群數量擴張受限制而在多數時間都處於相對劣勢的境況。
腸道益生菌與人的交談
健康的腸道中，所生存的益生菌群概約有上千種，它們分別來自於幾個不同的產酸菌屬。在自然條件下，益生菌群與益生菌群彼此之間靠傳遞生物訊息互相溝通，也交流著彼此的遺傳物質一DNA，而使各種菌群之間達成協調的均衡(Ecobalance)，在此均衡的狀態下，腸道益生菌的總合優勢勝過壞菌，益生菌因此為人守護著健康。
益生菌群會藉由所產生的代謝物與人的消化系統、免疫系統、和神經系統產生互相的連結和溝通，在不知不覺中，也間接的影響到了人的行為和健康。在生物科學家間存在一種說法，科學家一向抱持著懷疑的態度，想要提問到底是「細菌控制著人的生存，亦或是人控制著細菌的生存」？這是一個有趣的話題，腸道菌群的基因總數量，近於人的基因總數的十倍之多，壞菌在這其中所佔的比例更高於益菌，換句話說壞菌更具有控制著人的優勢。
腸道益生菌“製造酸”以獲得競爭優勢
十二指腸段由於胃液和腸液的酸鹼中和，腸道環境的酸鹼值接近於中性至弱酸性，此處主要藉由膽鹽負責對抗外源細菌。
始於小腸的迴腸段才有少量的產酸益生菌分佈，特別是產乳酸的兼性厭氧的乳酸鏈球菌或乳酸桿菌，使腸道環境逐漸酸化，產生保護。至盲腸和大腸交會處是「腸道菌相」最為複雜之處，專性厭氧的耐酸腸道益生菌也多生存在此處，特別是雙歧異桿菌屬，俗稱比菲德氏菌。雙歧異桿菌屬已被記錄有近百株，它們醱酵人類不能消化的水溶性纖維，特別是含有葡萄糖和甘露糖，以產生短鏈脂肪酸，短鏈脂肪酸可以活力免疫細胞，另一方面可以抑制壞菌生長，使益生菌在大腸中獲得生存競爭優勢。
在盲腸中已被發現有接近上百種腸道菌，益生菌和壞菌也在彼此競合，因此盲腸在近代醫學觀點中，已經被視為重要的免疫器官，也是人體重要的菌種保存庫。[a] 近期重量級研究中更發現在盲腸中找到能引發 帕金森氏症 的α-神經突觸黏蛋白（alpha-synuclein），這類蛋白是由特定的細菌增殖所產生，主要起因可能是在盲腸定殖的比菲德氏益生菌的菌群變弱變小或被其他細菌取代所致。